The zoo of the gene networks capable of pattern formation by extracellular signaling
该研究通过逻辑论证与数学证明，揭示了尽管形式上存在大量可能的基因网络拓扑结构，但所有能够介导多细胞系统空间模式形成的网络均可归约为三大基本类别及其组合，且同类网络遵循相同的形成逻辑并产生相似的模式。
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138 篇论文
Cell-Type-Resolved Pseudobulk Classification Across Independent Cohorts Identifies Microglial PTPRG as a Transcriptional Hub in Alzheimer's Disease
该研究通过跨队列的细胞类型解析伪批量分类分析，鉴定出小胶质细胞中的PTPRG为阿尔茨海默病中整合神经元信号与炎症失调的关键转录枢纽。
Rhythmic gene expression and behavioral plasticity in harvester and carpenter ants
该研究通过分析收获蚁和木匠蚁的转录组数据，发现调控昼夜节律与行为可塑性（如觅食调节）的基因网络在蚂蚁物种间具有高度保守性，揭示了连接生物钟与行为适应性的核心基因模块。
Nonlinear mixed-effect models and tailored parametrization schemes enables integration of single cell and bulk data
该研究提出了一种基于非线性混合效应模型及定制参数估计方案的数学建模框架，成功实现了单细胞与群体平均数据的整合，显著提升了参数可识别性与预测精度，并有效应用于外源性细胞凋亡等复杂生物过程的分析。
Improved inference of multiscale sequence statistics in generative protein models
该论文提出了一种名为随机玻尔兹曼机（sBM）的新型正则化策略，通过更准确地捕捉多尺度统计相关性，有效解决了蛋白质生成模型中因欠采样导致的参数估计偏差，从而无需后处理即可生成兼具功能性与多样性的蛋白质序列。
Interplay of the ribosome A and CAR sites
该研究利用分子动力学模拟揭示了核糖体 A 位点与高度保守的 CAR 位点之间存在序列依赖性的相互作用，表明两者在结构功能上的紧密联系可能参与了对翻译延伸过程的 mRNA 序列特异性调控。
Time-dependent memory of hypoxia exposure influences tumor invasion dynamics
该研究结合转录组分析与计算模型，揭示了缺氧记忆具有时间依赖性，这种动态特性通过富集肿瘤前沿的缺氧细胞密度、降低其对氧气波动的敏感性以及增强有效扩散，从而显著驱动肿瘤侵袭。
Quantification of domain-specific intrinsic capacity using mortality data
该研究利用英国生物样本库的 63 项临床特征构建了基于五大内在能力领域的"IC 年龄”模型以预测 18 年死亡风险，并通过蛋白质组学替代指标揭示了跨领域的免疫激活机制，为功能性健康衰退的可扩展监测提供了新框架。
UQ-PhysiCell: An extensible Python framework for uncertainty quantification and model analysis in PhysiCell
本文介绍了 UQ-PhysiCell，这是一个开源 Python 框架，旨在通过模块化、可扩展且支持并行计算的流程，为 PhysiCell 代理模型提供不确定性量化、校准及模型选择等系统分析能力，从而降低严谨统计方法在复杂生物建模中的应用门槛。
Kinome profiling allows examination and prediction of kinase inhibitor cardiotoxicity
该研究通过整合激酶组蛋白组学数据与机器学习模型，揭示了特定激酶（如 PDGFRB、EGFR 等）的脱靶抑制与激酶抑制剂心脏毒性之间的关联，从而构建了一个能够预测心脏不良反应风险并指导药物设计的机制性框架。
An AI-Assisted Workflow for Reconstruction, Extension, and Calibration of Quantitative Systems Pharmacology Models.
本文提出了一种结合大语言模型与 SBML 标准的 AI 辅助定量系统药理学（QSP）框架，通过自动化重构、扩展及校准 CAR-T 模型，在保持机制透明性和监管合规性的同时，显著加速了细胞与基因治疗领域的模型驱动药物研发。
Integrative Multi-cohort Transcriptomics and Network Pharmacology Analysis Reveals Key Network Nodes and Potential Drug Clues in PCOS Granulosa Cells
该研究通过整合多队列转录组学与网络药理学分析，系统揭示了多囊卵巢综合征颗粒细胞中的关键基因网络（以 CD44 为核心节点），并筛选出包括氟芬那酸在内的潜在治疗药物，为 PCOS 的机制研究与药物发现提供了计算框架和实验假说。
Investigating the dynamics of heat acclimation in pig through transcriptome analysis of blood samples
本研究通过对猪血液样本进行转录组分析，揭示了猪在热应激下从短期到长期热适应过程中基因表达的动态变化及免疫与代谢通路的协调调控机制。
A Unified Control of Cellular Differentiation: From Temporal Multistability to Spatial Pattern Formation in Gene Regulatory Networks
该研究通过反应动力学框架，揭示了基因调控网络拓扑结构如何通过关键无量纲参数驱动细胞分化的时间多稳态转变，并阐明了三节点抑制网络在纯扩散机制下实现稳定空间模式形成的独特能力。
Stochastic Gene Expression Model with State-Dependent Protein Activation Delay
本文建立了一个随机模型，揭示了依赖于活性蛋白水平的状态相关激活延迟机制如何与负反馈协同作用，从而显著降低基因表达中的蛋白水平波动并增强细胞调控的稳健性。
Disentangling the cost of gene expression
该研究通过建立资源竞争模型，将基因表达的适应度成本解耦为核糖体、RNA 聚合酶和转录因子等限制因子的竞争贡献，揭示了成本源于转录与翻译过程而非产物本身，并成功在酿酒酵母中验证了核糖体竞争主导翻译成本、转录因子竞争主导转录成本的机制，为合成生物学优化基因设计提供了定量框架。
Speed-Dependent Turning Strategies in Quadrupedal Locomotion: Insights from Computational Modeling
该研究通过扩展四足动物运动计算模型，揭示了身体弯曲、侧向施力和肢体侧移三种非对称转向策略在不同速度下的最优表现，并阐明了前肢在转向中的主导作用及速度依赖性的策略选择机制。
Attomolar fecal cytokine profiling reveals gut immune dynamics and disease states
该研究开发了名为 DIGEST 的超灵敏数字免疫分析平台，能够以阿摩尔级精度非侵入性地检测粪便中的宿主细胞因子，从而成功揭示了肠道免疫动态、区分炎症性肠病活动状态并预测黑色素瘤患者对 PD-1 阻断疗法的反应。
A phosphorylation switch in PAGE4 drives MED12-mutant fibroid pathogenesis
该研究通过多组学分析发现，MED12 突变型子宫肌瘤中 PAGE4 蛋白的特定磷酸化（由 HIPK2 等激酶介导）充当分子开关，重塑其相互作用网络以招募 Mediator 复合物和 RNA 聚合酶 II，从而驱动肿瘤发生，确立了磷酸化 PAGE4 作为该亚型关键致病机制节点及潜在治疗靶点的地位。
sRQA: AN INTEGRATIVE PIPELINE FOR SYMBOLIC RECURRENCE QUANTIFICATION ANALYSIS
本文介绍了开源 R 语言包 sRQA，该工具将符号化、可视化及递归量化分析整合为统一流程，有效克服了传统方法仅适用于连续信号的局限，并在心脏节律、脑功能成像及言语停顿等生物行为学实证研究中验证了其在解析离散系统动态特征方面的灵活性与敏感性。